合杭高铁跟合肥至南京是一条线路吗

不是。
合肥到南京途经的是肥东站，巢北站，全椒站，江浦站。
合肥到杭州途经的是长临河站，巢湖东站，含山西站，芜湖站，宣城站，广德南站，德清站。